DIGITALNA ARHIVA ŠUMARSKOG LISTA
prilagođeno pretraživanje po punom tekstu
| ŠUMARSKI LIST 5-6/2000 str. 23 <-- 23 --> PDF |
S. Cvjctan, D. Kajha. N. I´avičic i I. I´cjić: GKNKTSKA ANALIZA STAROG HVARSKO» OEMI´KI-.SA Šumarski listbr. 5 6, CXXIV (2000). 279-2X4 cije (25. 11. 1999.). Izolacija i pročišćavanje genomske DNA obavljeno je iz svježeg tkiva listova uzoraka čempresa prema CTAB metodi (Doyle i Doyle 1990). RAPD - PCR reakcije odvijale su se u volumenu 25 ul koji je sadržavao: 20 ng genomske DNA; 1 U Taq poli- meraze "Sigma" i 2,5 ul PCR 10x pufera iz kompleta s enzimom; 2,5 ul dNTP (2. 5 mM od svakog nukleoti- da); 7.5 pmola primera i 3,0 ul MgCl2 (konc. 25mM). Za generiranje DNA polimorfizma korišteno je 16 oli- gonukleotidnih primera (Operon, Almeda, CA) A-01, A-02, A-03, A-04, A-05, A-06, A-07, A-08, C-01, C-02, C-03, C-05, C-06, C-07, C-08, C-09). PCR reakcije odvijale su se u aparatu MJ Research PTC-100 u sljedećem temperaturom profilu: 5 min 95 °C; zatim 45 ciklusa (30 sec. 94 °C, 30 sec. 36 °C, 60 sec. 72 °C) i završno 72 °C sedam minuta. Produkti reakcije separirani su u horizontalnoj elek- troforezi s 1,3 % agaroznim gelom i detektirani bojenjem s etidium bromidom i UV svjetlom. Fotografira- Staro stablo hvarskog čempresa visoko je sedam metara i zbog nepostojanja vertikalnog vrha, račva se u dvije strane te mu je habitus poprimio izrazito kišobra- nast izgled (SI. 1). Ne znaše točno da li je vrh slomljen Slika 1. Habitus starog hvarskog čempresa Figure 1. Habitus of the old cypress of Hvar vjetrom ili čempresi zbog starosti i u određenoj dobi gube vrh. Obujam pri dnu debla je 200 cm, do visine od 1,5 m obujam doseže 220 cm. Prvo razgranjenje je na visini od 2,5 m. Grane odstupaju široko od debla i na presjeku su eliptične. Na toj razini grane su duge 7-8 m, i imaju obujam 120 cm. Obujam na vrhu grane se smanjuje na 60 cm. Grane su raspucale, srčika je propala tako daje ostalo svega 10-15 cm živog tkiva. Vršne grane nisu tako izdužene u prostoru, već pri vrhu imaju zavojit oblik, zadržavajući karakterističan plosnati iz lije je obavljeno Polaroid filmom Tip 677. RAPD marked se vide kao više crtica unutar jedne uzdužne pruge. Pojava i relativni položaj tih crtica predstavljaju geno- tipsku specifičnost marker-alel. Na fotografiji gela očitavano je prisutnost (1) i odsutnost (0) fragmenata za polimorfne bandove. Očitavani su samo dobro vidljivi i jasni bandovi, kako bi preciznost analize bila što veća. Iz ukupno izdvojena 23 polimorfna lokusa izračunat je indeks sličnosti, "Simple Matching" koeficijent (R h o 1 f 1990), za sve moguće parove analiziranih ge- notipova čempresa: SM(ij) = m(1]/n(ij) gdje je SM(1|I mjera genetske sličnosti između genotipa i i genotipa/, m(ij) je broj poklapanja istovjetnog stanja na datom lokusu (1-1 or 0-0) između genotipova i ij, a n(1)l je ukupni broj mogućih usporedbi između genotipova ; i /. Iz izračunatih vrijednosti genetske sličnosti provedena je hijerarhijska grozdasta analiza (Hierarchical cluster analysis) prema UPGMA algoritmu uz pomoć NTSYS-pc paketa (R h o 1 f 1990). gled. (SI. 2). Boja kore svih grana i debla se prelijeva u nijansama od sive, preko sivosmeđe do tamnosmeđe Slika 2. Izgled vršnih grana starog hvarskog čempresa Figure 2. Appearance of the old 11 var cypress top branches 3. REZULTATI ISTRAŽIVANJA I RASPRAVA - Results of investigations and discussion 281 |