DIGITALNA ARHIVA ŠUMARSKOG LISTA
prilagođeno pretraživanje po punom tekstu
| ŠUMARSKI LIST 11-12/2011 str. 13 <-- 13 --> PDF |
O. Tančeva Crmarić, S. Štambuk, Z. Šatović, D. Kajba: GENOTIPSKARAZNOLIKOST DIVLJE TREŠNJE ... Šumarski list br. 11–12, CXXXV (2011), 543-555 nje, dok mikrosatelitni biljeg EMPA015 nije pokazao amplifikaciju kod klonova ‘N1’, ‘K1’i ‘L2’.Tako visoki stupanj amplifikacije omogućio je korištenje svih 15 bilje ga u određivanju polimorfizma i daljnjih genetskih ana liza i potvrdio njihov izbor napravljen od strane ECPGR. Ohta i sur. (2005) u Japanu su koristili 85 SSR biljega za određivanje genetske varijacije 144 jedinkiPrunus cerasus, od kojih je 25 pokazalo amplifikaciju kod svih jedinki, ali 25 nije davalo produkt ni kod jedne jedinke. PceGA34 korišten u ovom istraživanju razvijen je zaP. cerasus “Napoleon”(Downwy iIezzioni 2000). Upotrebljen je kod breskve gdje je razvio alelne duljine u rasponu od 140 do 148 pb (Aranzana i sur. 2003). U genotipizaciji divlje trešnje diljem Hrvatske duljina alela u pb za biljeg PceGA34 se kretala u rasponu 129–169, a broj alelaNabio je 10. Clark i Tobutt (2003) razvili su primere (početnice) za 21 mikrosatelitni lokus izoliranih iz bogatstva Prunus avium ‘Napoleon’, a Vaughan i Russel (2004) karakterizirali su liniju SSR primera za 14 mikro satelita ili SSR lokusa identificiranih za P. avium genomske DNA zbirke EMPaS (01–18), te izvijestili o pouzdanoj seriji SSR biljega za divlju trešnju. Sedam polimorfnih lokusa identificiranih u tom istraživanju uneseni su u genomsku mapu divlje trešnje, i korišteni su i u ovom istraživanju. Duljina istraživanih alela u Hrvatskoj kolekciji trešnje (24 klona) za tih 7 lokusa iznosi la je za biljeg EMPAS01 od 225 do 240 kod sveukupno 7 alela, za EMPAS02 od 132 do 148 kod 7 alela, za EMPAS06 od 203 do 227 kod 8 alela, za EMPAS10 od 149 do 185 za 9 alela, za EMPAS11 od 65 do 104 kod 4 alela, za EMPAS12 od 123 do 147 kod 5 alela i za EMPAS14 od 198 do 211 kod 3 alela (Tablica 1). Ukupni broj alela za lokus UDPA 96-001 bio je 11 za trešnje sa srednjom vrijednošću 6.1, dok je za breskvu, nektarinu i slatku trešnju iznosio 2 – 6 alela (Ciprianii sur.1999, Testolin i sur.2000,Schueler i sur. 2003), što nam sugerira da jedinke divlje trešnje imaju visok stupanj polimorfizma, a što je sukladno našem istraživanju. Mikrosatelitni biljezi su u novije vrijeme razvijeni i specijalno za vrstu P. avium (Schueler i sur.2003) ili su pak razvijeni za ostale Prunusvrste, ali se upotrebljavaju kodPrunus avium (Wunsch iHormaza 2004). Radi se o kodominantnim biljezima koji se mogu koristiti za istraživanje genetske raznovrsnosti kod specifičnih komponenti genoma (Tavaud i sur.2004). Genska raznolikost (HE) za Prunus avium u njihovim je istraživanjima bila 0,319 u usporedbi sHEkoju smo dobili u našem istraživanju, čija vrijednost iznosi 0,680. Turkec i sur. (2005) upotrebljavali su mikrosatelitne sekvence za kloroplastnu i za nuklearnu DNAs ciljem utvrđivanja razlika, genetskog polimorfizma europske i turske trešnje kako bi pokrenuli model oplemenjivanja kultivirane i divlje trešnje.Varijabilnost mikrosatelitne DNA u populacijama divlje trešnje iz središnje Bosne,kao i korelacijski odnosi cvijeta i sjemena divlje trešnje istraživali su (Ballian 2004,Ballian iČabarav dić2007). Pomoću sedam početnica RAPDMoreno iTrujillo(2005) u Španjolskoj identificirali su kultivare divlje trešnje i formirali dendrogram pomoću kojeg je uočena korelacija kod grupiranja trešnjinih genotipova, kao i blizina karakterističnih genotipova te su tako poduprli hipotezu o autohtonom porijeklu istih. Vaughan i sur.(2007) odredili su pomoću relativnih informacija o svakom SSR lokusu razlike između dvije populacije divlje trešnje (uzgajane i negospodarene), te su odredili vrijednost HO od 0,717 i 0,723 s jednako ujednačenom vrijednostiHE 0,663 i 0,667. Koristeći se odabranim biljezima utvrđeno je ukupno 100 alela,od kojih je najmanji broj od dva polimorfna alela pokazao biljeg EMPA002, a najveći broj 11 alela biljeg EMPA005. Prosječni broj alela iznosio je 6,667 po mikrosatelitnom biljegu. Do sada ne postoje istovjetna istraživanja genetske raznolikosti divlje trešnje koja su koristila ovaj preporučeni mikrosatelitni set primera.Većina do sada vršenih istraživanja koristila su ih djelomično i uglavnom u kombinaciji s drugim mikrosatelitnim biljezima.Guarinoi sur.(2009) istraživali su pomoću 28 mikrosatelitnih lokusa, osim kultivare slatke trešnje i populacije divlje trešnje iz pet prirodnih sastojina:Alto Garda, Casentinesi i Mugello (Italija); te po jedna iz Slovenije (Slavnik) i Hrvatske (Medvednica). U istraživanjima su dobili po 6,5 alela po lokusu. Minimalan broj od dva alela bio je za manje polimorfni lokus EMPA006, dok je maksimum od 14 alela davao polimorfni lokus EMPaS10 i EMPA019. Prema njihovom zaključivanju broj alela je ovisio o karakteristikama mikrosatelitnog ponavljanja. Izravnu povezanost između broja alela i prosječnog broja ponavljajućeg motiva biljega također je zapazio Weber (1990). Broj alela kod breskve koje je Testolin i sur. (2000) detektirao kretao se od 2 do 8 s srednjom vrijednosti 4,5 alela po lokusu. Kod domaće trešnje te su vrijednosti bile manje i iznosile su od 1 do 6 sa srednjom vrijednosti 2,8 alela po lokusu. WunschiHormaza (2004) su kod kultivirane trešnje pomoću tri para mikrosatelitnih primera, koja su se amplificirali kod svih analiziranih genotipova, dobili od dva do sedam alela po lokusu. Heterozigotnost je bila u području 0,04 do 0,94, a srednja vrijednost 0,49. U tablici 1 prikazani su osnovni deskriptivni parametri mikrosatelitnih biljega. Broj alela (Na) po mikrosatelitnim biljegu kretao se od dva (EMPA002) do 11 (EMPA005) s prosječnom vrijednošću od 6,667, dok je broj uočenih genotipa bio od 2 (EMPA002) do 14 (EMPASO2) s prosječnom vrijednošću od 9,733. Zapažena heterozigotnost (HO) se kretala od 0,333 |